Henrik Schaefer steht regelmäßig am Pult internationaler Opernhäuser und Symphonieorchester und erweist sich stets als ebenso engagierter wie konzeptionsstarker Partner. Er begann seine Dirigenten-Karriere als Assistent von Claudio Abbado bei den Berliner Philharmonikern, wirkte von 2013 bis 2020 als Music Director der Oper Göteborg. Seit der Saison 21/22 ist er der Music Director der Volksoper Stockholm und seit 2023 Lektor für Orchesterdirigieren an der Königlichen Musikhochschule in Stockholm

Von 2004 bis 2011 war Henrik Schaefer Erster Gastdirigent des Hiroshima Symphony Orchestra und von 2007 bis 2013 Chefdirigent der Wermland Opera Karlstad. Internationale Beachtung fanden dort insbesondere seine Gesamtaufführungen von Wagners Ring