Henrik Schaefer steht regelmäßig am Pult internationaler Opernhäuser und Symphonieorchester und erweist sich stets als ebenso engagierter wie konzeptionsstarker Partner. Er ist der Music Director der Volksoper Stockholm, erster Gastdirigent und künstlerischer Berater des Danish Philharmonic Orchestra und seit 2023 Lektor für Orchesterdirigieren an der Königlichen Musikhochschule in Stockholm

Von 2004 bis 2011 war Henrik Schaefer Erster Gastdirigent des Hiroshima Symphony Orchestra und von 2007 bis 2013 Chefdirigent der Wermland Opera Karlstad. Von 2013 bis 2020 war er Chefdirigent der Göteborger Oper.